public class SampleGraphView : GraphView
{
    public SampleGraphView() : base()
   {
       // 親のUIにしたがって拡大縮小を行う設定
       style.flexGrow = 1;
       style.flexShrink = 1;

       // ズーム倍率の上限設定
        SetupZoom(ContentZoomer.DefaultMinScale, ContentZoomer.DefaultMaxScale);
        // 背景の設定
        Insert(0, new GridBackground());
        // UIElements上でのドラッグ操作などの検知
        this.AddManipulator(new SelectionDragger());
        // イベントの設定、中身は後述
        SetEvents();
    }
}

// GraphViewを子に持つEditorWindowのサンプル
public class SampleGraphWindow : EditorWindow
{
    // 子のGraphView
    private SampleGraphView _graph;

    // Unity上のメニューにSample→Open Windowという項目を追加して開く
    [MenuItem("Sample/Open Window")]
    public static void Open()
    {
        var graphEditor = CreateInstance();
        graphEditor.Show();
        graphEditor.titleContent = new GUIContent("サンプル");
    }

    private void OnEnable()
    {
        CreateGraphView();
    }

    private void CreateGraphView()
    {
        _graph = new SampleGraphView();
        // 子の要素の追加、ノードを配置する土台となるGraphViewを配置する
        rootVisualElement.Add(_graph);
    }
}

// UnityのGraphView.csの実装の一部
public virtual void BuildContextualMenu(ContextualMenuPopulateEvent evt)
{
     if (evt.target is UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView && this.nodeCreationRequest != null)
     {
         evt.menu.AppendAction("Create Node", new Action(this.OnContextMenuNodeCreate), 
             new Func<DropdownMenuAction, DropdownMenuAction.Status>(DropdownMenuAction.AlwaysEnabled), (object) null);
         evt.menu.AppendSeparator((string) null);
     }
     if (evt.target is UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView || evt.target is Node || evt.target is Group)
         evt.menu.AppendAction("Cut", 
            (Action) (a => this.CutSelectionCallback()), 
            (Func<DropdownMenuAction, DropdownMenuAction.Status>) (a => this.canCutSelection ? DropdownMenuAction.Status.Normal : DropdownMenuAction.Status.Disabled), 
            (object) null);
     if (evt.target is UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView || evt.target is Node || evt.target is Group)
         evt.menu.AppendAction("Copy", 
　　　　　　  (Action) (a => this.CopySelectionCallback()), 
            (Func<DropdownMenuAction, DropdownMenuAction.Status>) (a => this.canCopySelection ? DropdownMenuAction.Status.Normal : DropdownMenuAction.Status.Disabled), 
　　　　　　  (object) null);
     if (evt.target is UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView)
         evt.menu.AppendAction("Paste", 
            (Action) (a => this.PasteCallback()), 
            (Func<DropdownMenuAction, DropdownMenuAction.Status>) (a => this.canPaste ? DropdownMenuAction.Status.Normal : DropdownMenuAction.Status.Disabled), 
            (object) null);
     if (evt.target is UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView || evt.target is Node || evt.target is Group || evt.target is Edge)
     {
         evt.menu.AppendSeparator((string) null);
         evt.menu.AppendAction("Delete", 
            (Action) (a => this.DeleteSelectionCallback(UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView.AskUser.DontAskUser)), 
            (Func<DropdownMenuAction, DropdownMenuAction.Status>) (a => this.canDeleteSelection ? DropdownMenuAction.Status.Normal : DropdownMenuAction.Status.Disabled), 
            (object) null);
     }
     if (!(evt.target is UnityEditor.Experimental.GraphView.GraphView) && !(evt.target is Node) && !(evt.target is Group))
         return;
     evt.menu.AppendSeparator((string) null);
     evt.menu.AppendAction("Duplicate", 
        (Action) (a => this.DuplicateSelectionCallback()), 
        (Func<DropdownMenuAction, DropdownMenuAction.Status>) (a => this.canDuplicateSelection ? DropdownMenuAction.Status.Normal : DropdownMenuAction.Status.Disabled), 
        (object) null);
     evt.menu.AppendSeparator((string) null);
}

private void SetEvents()
{
    // SampleGraphViewのメニュー周りのイベントを設定する処理
    nodeCreationRequest += context =>
    {
        // 後述するNodeというクラスのインスタンス生成
        var node = new Node();
        // GraphViewの子要素として追加する
        AddElement(node);
    };
}

public class SampleNode : Node
{
    public SampleNode()
    {
        title = "サンプル";

        var text = new TextField("テキスト");
        mainContainer.Add(text);
    }
}

// Node.csの実装の一部
//中央の領域
public VisualElement mainContainer { get; private set; } 
//タイトルのヘッダ部分の領域
public VisualElement titleContainer { get; private set; } 
//ノード同士の接続部分の領域
public VisualElement inputContainer { get; private set; } 
//ノード同士の接続部分の領域
public VisualElement outputContainer { get; private set; } 
//タイトルのヘッダにあるボタンを配置する領域
public VisualElement titleButtonContainer { get; private set; } 

// ノードの実装のサンプル
public class SampleNode : Node
{
    protected virtual string Title => "title";

    public SampleNode()
    {
        title = "サンプル";

        // UXMLを読み込んでmainContainerの下に配置する 
        var visualTree = Resources.Load("parameterContainer");
        visualTree.CloneTree(mainContainer);
  　 }
}

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<engine:UXML xmlns:engine="UnityEngine.UIElements" xmlns:ui="UnityEngine.UIElements" xmlns:editor="UnityEditor.UIElements" >
   <!-- 要素をまとめる親 -->
   <ui:VisualElement name="contentContainer">
       <engine:VisualElement name="parameterContainer">
           <!-- 「名前」という名目のテキスト入力領域 -->
           <engine:TextField name="name" label="名前"/>
       </engine:VisualElement>
       <engine:VisualElement name="explanationContainer">
           <!-- 「説明」という名目の複数行テキスト入力領域 -->
           <engine:Label name="explanationLabel" text="説明"/>
           <engine:TextField name="explanationField" multiline="true"/>
       </engine:VisualElement>
   </ui:VisualElement>
</engine:UXML>

// SampleNode.csでのPortの生成ロジック

private Port _inputPort;
private Port _outputPort;

public void Initialize()
{
    // 中略

    _inputPort = AddInputPort("入力");
    _outputPort = AddOutputPort("出力")
}

private Port AddInputPort(string name, Orientation orientation = Orientation.Horizontal, Port.Capacity capacity = Port.Capacity.Single)
{
    var port = CreatePort(name, Direction.Input, orientation, capacity);
    inputContainer.Add(port);
    return port;
}

private Port AddOutputPort(string name, Orientation orientation = Orientation.Horizontal, Port.Capacity capacity = Port.Capacity.Single)
{
    var port = CreatePort(name, Direction.Output, orientation, capacity);
    outputContainer.Add(port);
    return port;
}

private Port CreatePort(string name, Direction direction, Orientation orientation = Orientation.Horizontal, Port.Capacity capacity = Port.Capacity.Single)
{
    var port = Port.Create(orientation, direction, capacity, typeof(T));
    port.portName = name;
    return port;
}  

// Port.csの実装の一部
public object source { get; set; }

// Port.csの実装の抜粋
public virtual IEnumerable connections { get { return (IEnumerable) this.m_Connections; } }

private Port _inputPort;
private Port _outputPort;

public void Initialize()
{
    // 中略

    _inputPort = AddInputPort("入力");
    _outputPort = AddOutputPort("出力")
}

// 中略

// Nodeを継承したクラスで、出力側のPortから出力先のNodeを参照するサンプル
public virtual void Execute()
{
    if(_outputPort?.connections == null || _outputPort?.connections.Any() == false)
    {
        return;
    }

    IEnumerable nextNodes = _outputPort.connections.Select(connect => connect.input?.node);

    if (nextNodes == null || nextNodes.Any() == false) 
    {
        return;
    }

    foreach(var nextNode in nextNodes)
    {
        // 出力側に繋がっているノードに対する処理
    }
}

// Nodeを継承したクラスで、入力側のPortからパラメータを受け取って処理を行うサンプル
public void Execute()
{
    if(_inputPort?.connections == null || _inputPort?.connections.Any() == false)
    {
        return;
    }

    var prevNodeParameters = _inputPort.connections.Select(connect => connect.output?.source);

    if (prevNodeParameters == null || prevNodeParameters.Any() == false) 
    {
        return;
    }

    foreach(var parameter in prevNodeParameters)
    {
        // 各パラメータごとの処理
    }
}